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Experiências para anotar todos os 399 Genes do Proteína-Coding - transcrição Pervasive, poucos limites
O Dr. Alexandre Reymond e colegas conduziu uma série das experiências para anotar todos os 399 genes do proteína-coding nas regiões CODIFICAR. Em fazer assim, encontraram que mais do que a metade dos genes produziram os transcripts que contiveram as seqüências que traçam fora dos limites sabidos destes genes. Interessante, estas seqüências transcritas sobrepostas frequentemente com outros genes, foram encontradas a uma distância significativa da parcela principal da seqüência de coding, e mediram segmentos genomic grandes.
“Nossos resultados modificam nossa compreensão atual da arquitetura e o regulamento de genes do proteína-coding,” explica o Dr. Reymond. “Além disso, alguns polymorphisms da seqüência considerados hitherto ser ficado situados “no non-coding” regiões podem finalmente ser relacionados à doença.”
Referência:
Denoeud F. e outros. 2007. O uso proeminente de 5 ' locais do começo da transcrição e a descoberta de um grande número exons adicionais CODIFICAM dentro regiões. Genome Res. 17:746 - 759. (doi: 10.1101/gr.5660607)
Sobre a pesquisa do Genome
Pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é um jornal internacional, mensal, par-revisto publicado pela pressão fria do laboratório do porto da mola lançada em 1995, é um dos cinco jornais preliminares o mais altamente cited da pesquisa nos genetics e no genomics.
Os seguintes artigos publicam-se também nesta edição:
-- Weinstock, G.M. 2007. CODIFICAR: Empowerment mais genomic. Genome Res. 17:667 - 668. (doi: 10.1101/gr.6534207)
-- Gerstein, M. e outros. 2007. O que é um gene, borne-CODIFICAR: Uma história que culmina em uma definição updated. Genome Res. 17:669 - 681. (doi: 10.1101/gr.6339607)
-- Gingeras, T.R. 2007. Origem dos phenotypes: Genes e transcripts. Genome Res. 17:682 - 690. (doi: 10.1101/gr.6525007)
-- Koch, C.M. e outros. 2007. A paisagem de modificações do histone através de 1% do genome humano em cinco linhas humanas da pilha. Genome Res. 17:691 - 707. (doi: 10.1101/gr.5704207)
-- Rada-Iglesias, A. e outros. 2007. O Butyrate medía a diminuição do acetylation do histone centrada em locais do começo da transcrição e em para baixo-regulamento de genes associados. Genome Res. 17:708 - 719. (doi: 10.1101/gr.5540007)
-- Rei, C.C. e outros. 2007. Encontrando elementos cis-regulatory usando o genomics comparativo: Algumas lições de CODIFICAM dados. Genome Res. 17:775 - 786. (doi: 10.1101/gr.5592107)
-- Zhang, Z.D. e outros. 2007. Análise estatística da distribuição e da correlação genomic de elementos regulatory nas regiões CODIFICAR. Genome Res. 17:787 - 797. (doi: 10.1101/gr.5573107)
-- Xi, H. e outros. 2007. A análise de overrepresented motifs em promoters humanos do núcleo revela papéis regulatory duplos de YY1. Genome Res. 17:798 - 806. (doi: 10.1101/gr.5754707)
-- Jin, V.X. e outros. 2007. Identificação de um módulo regulatory de OCT4 e de SRY usando aproximações computacionais e experimentais integradas do genomics. Genome Res. 17:807 - 817. (doi: 10.1101/gr.6006107)
-- Lin, J.M. e outros. 2007. Emperramento do fator da transcrição e histones modificados em promoters bidirectional humanos. Genome Res. 17:818 - 827. (doi: 10.1101/gr.5623407)
-- Ruan, Y. e outros. 2007. Os transcripts da fusão e transcrito retrotransposed os loci descobertos com a análise detalhada do transcriptome usando diTags da Emparelh-Extremidade (animais de estimação). Genome Res. 17:828 - 838. (doi: 10.1101/gr.6018607)
-- Zheng, D. e outros. 2007. Pseudogenes nas regiões CODIFICAR: Anotação do consenso, análise da transcrição, e evolução. Genome Res. 17:839 - 851. (doi: 10.1101/gr.5586307)
-- Washietl, S. e outros. 2007. RNAs estruturado nas regiões selecionadas CODIFICAR do genome humano. Genome Res. 17:852 - 864. (doi: 10.1101/gr.5650707)
-- Karnani, N. e outros. 2007. Os testes padrões do replication das bandejas e os domínios chromosomal definidos por disposições da genome-telha de CODIFICAM áreas genomic. Genome Res. 17:865 - 876. (doi: 10.1101/gr.5427007)
-- Giresi, P.G. e outros. 2007. Elementos regulatory ativos dos isolates de FAIRE (isolação Formaldehyde-Ajudada de elementos Regulatory) do chromatin humano. Genome Res. 17:877 - 885. (doi: 10.1101/gr.5533507)
-- Emanuelsson, O. e outros. 2007. Avaliando o desempenho de estratégias microarray da telha high-density diferente para traçar regiões transcritas do genome humano. Genome Res. 17:886 - 897. (doi: 10.1101/gr.5014607)
-- Euskirchen, G.M. e outros. 2007. Traçar de regiões obrigatórias do fator da transcrição em pilhas mammalian por Microplaqueta: Comparação das tecnologias da disposição e arranj em seqüência-baseado. Genome Res. 17:898 - 909. (doi: 10.1101/gr.5583007)
-- Bhinge, A.A. e outros. 2007. Traçando os alvos chromosomal de STAT1 pela análise de Seqüência Tag do enriquecimento de Genomic (ESTÁGIO). Genome Res. 17:910 - 916. (doi: 10.1101/gr.5574907)
-- Dennis, J.H. e outros. 2007. Métodos independentes e complementares para a análise estrutural em grande escala do chromatin mammalian. Genome Res. 17:928 - 939. (doi: 10.1101/gr.5636607)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. Deteção de motifs estruturais do DNA em elementos genomic funcionais. Genome Res. 17:940 - 946. (doi: 10.1101/gr.5602807)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. A construção do genome-escala o mapa estrutural na definição do único-nucleotide. Genome Res. 17:947 - 953. (doi: 10.1101/gr.6073107)
-- Elnitski, L.L. e outros. 2007. O portal de ENCODEdb: Acesso simplificado PARA CODIFICAR dados do Consortium. Genome Res. 17:954 - 959. (doi: 10.1101/gr.5582207)
-- Blankenberg, D. e outros. 2007. Uma estrutura para a análise collaboratoive de CODIFICA dados: Fazendo análises em grande escala biólogo-amigáveis. Genome Res. 17:960 - 964. (doi: 10.1101/gr.5578007)
Imprensa aproximadamente fria do laboratório do porto da mola
A imprensa fria do laboratório do porto da mola é um publisher internacional renowned dos livros, dos jornais, e dos meios eletrônicos situados no console longo, New York. É uma divisão do laboratório frio do porto da mola, de um innovator na pesquisa da ciência de vida e da instrução dos cientistas, dos estudantes, e do público. Para mais informação, visita http://www.cshlpress.com.
Desde a conclusão do projeto humano do Genome em 2003, os esforços da pesquisa foram visados que analisam as funções de várias seqüências no genome, usando estratégias experimentais e computacionais. A introdução de junho da pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é devotado ao projeto CODIFICAR (enciclopédia de elementos do DNA), cujo o objetivo é caracterizar todos os elementos funcionais no genome humano. A pesquisa do Genome CODIFICA a edição inclui 25 papéis de pesquisa, que relatam no validation dos resultados principais do projeto piloto e são essenciais a comunidade enquanto escalam até catalogar elementos funcionais no genome inteiro. Além, a edição contem também o commentary e os perspectives em como nossas vistas do genome mudaram em conseqüência das investigações CODIFICAR. Os findings principais medem as áreas de chromatin e replication, transcrição e regulamento do gene, e o confinamente evolucionário, algum de que é destacado abaixo. A edição inteira estará livremente disponível em linha junho em 14 para coordenar com a publicação do consortium CODIFICAR na natureza do jornal. |
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Seqüências do DNA que ligam proteínas para acoplar a transcrição do Gene - umas luzes mais verdes
Categoria principal: Notícia do Genetics
Data do artigo: 14 junho 2007 - 1:00 PDT
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Os Promoters, ou as seqüências do DNA que ligam proteínas para acoplar a transcrição do gene, eram o tópico do foco para uma equipe dos investigadores conduzidos pelo afastamento cilindro/rolo. Zhiping Weng e Richard Myers. Usando uma aproximação computacional e experimental integrada, estimaram que pelo menos 35% mais promoters existem no genome humano do que são anotados atualmente.
Interessante, aproximadamente um quarto dos promoters recentemente identificados e validados foram ficados situados na costa do antisense de transcripts anotados, na maior parte em exons terminais. Os autores speculate que estes promoters podem regular a transcrição que ocorre no sentido reverso (antisense) aos genes do proteína-coding.
A pesquisa futura será necessária para determinar se estes promoters recentemente identificados são locais alternos do começo da transcrição de genes sabidos, ou se representam a primeira evidência de genes heretofore não identificados.
Referência:
Trinklein, N.D. e outros. 2007. A análise integrada de séries de dados experimentais revela muitos promoters da novela em 1% do genome humano. 17:720 - 731. (doi: 10.1101/gr.5716607)
Sobre a pesquisa do Genome
Pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é um jornal internacional, mensal, par-revisto publicado pela pressão fria do laboratório do porto da mola lançada em 1995, é um dos cinco jornais preliminares o mais altamente cited da pesquisa nos genetics e no genomics.
Os seguintes artigos publicam-se também nesta edição:
-- Weinstock, G.M. 2007. CODIFICAR: Empowerment mais genomic. Genome Res. 17:667 - 668. (doi: 10.1101/gr.6534207)
-- Gerstein, M. e outros. 2007. O que é um gene, borne-CODIFICAR: Uma história que culmina em uma definição updated. Genome Res. 17:669 - 681. (doi: 10.1101/gr.6339607)
-- Gingeras, T.R. 2007. Origem dos phenotypes: Genes e transcripts. Genome Res. 17:682 - 690. (doi: 10.1101/gr.6525007)
-- Koch, C.M. e outros. 2007. A paisagem de modificações do histone através de 1% do genome humano em cinco linhas humanas da pilha. Genome Res. 17:691 - 707. (doi: 10.1101/gr.5704207)
-- Rada-Iglesias, A. e outros. 2007. O Butyrate medía a diminuição do acetylation do histone centrada em locais do começo da transcrição e em para baixo-regulamento de genes associados. Genome Res. 17:708 - 719. (doi: 10.1101/gr.5540007)
-- Rei, C.C. e outros. 2007. Encontrando elementos cis-regulatory usando o genomics comparativo: Algumas lições de CODIFICAM dados. Genome Res. 17:775 - 786. (doi: 10.1101/gr.5592107)
-- Zhang, Z.D. e outros. 2007. Análise estatística da distribuição e da correlação genomic de elementos regulatory nas regiões CODIFICAR. Genome Res. 17:787 - 797. (doi: 10.1101/gr.5573107)
-- Xi, H. e outros. 2007. A análise de overrepresented motifs em promoters humanos do núcleo revela papéis regulatory duplos de YY1. Genome Res. 17:798 - 806. (doi: 10.1101/gr.5754707)
-- Jin, V.X. e outros. 2007. Identificação de um módulo regulatory de OCT4 e de SRY usando aproximações computacionais e experimentais integradas do genomics. Genome Res. 17:807 - 817. (doi: 10.1101/gr.6006107)
-- Lin, J.M. e outros. 2007. Emperramento do fator da transcrição e histones modificados em promoters bidirectional humanos. Genome Res. 17:818 - 827. (doi: 10.1101/gr.5623407)
-- Ruan, Y. e outros. 2007. Os transcripts da fusão e transcrito retrotransposed os loci descobertos com a análise detalhada do transcriptome usando diTags da Emparelh-Extremidade (animais de estimação). Genome Res. 17:828 - 838. (doi: 10.1101/gr.6018607)
-- Zheng, D. e outros. 2007. Pseudogenes nas regiões CODIFICAR: Anotação do consenso, análise da transcrição, e evolução. Genome Res. 17:839 - 851. (doi: 10.1101/gr.5586307)
-- Washietl, S. e outros. 2007. RNAs estruturado nas regiões selecionadas CODIFICAR do genome humano. Genome Res. 17:852 - 864. (doi: 10.1101/gr.5650707)
-- Karnani, N. e outros. 2007. Os testes padrões do replication das bandejas e os domínios chromosomal definidos por disposições da genome-telha de CODIFICAM áreas genomic. Genome Res. 17:865 - 876. (doi: 10.1101/gr.5427007)
-- Giresi, P.G. e outros. 2007. Elementos regulatory ativos dos isolates de FAIRE (isolação Formaldehyde-Ajudada de elementos Regulatory) do chromatin humano. Genome Res. 17:877 - 885. (doi: 10.1101/gr.5533507)
-- Emanuelsson, O. e outros. 2007. Avaliando o desempenho de estratégias microarray da telha high-density diferente para traçar regiões transcritas do genome humano. Genome Res. 17:886 - 897. (doi: 10.1101/gr.5014607)
-- Euskirchen, G.M. e outros. 2007. Traçar de regiões obrigatórias do fator da transcrição em pilhas mammalian por Microplaqueta: Comparação das tecnologias da disposição e arranj em seqüência-baseado. Genome Res. 17:898 - 909. (doi: 10.1101/gr.5583007)
-- Bhinge, A.A. e outros. 2007. Traçando os alvos chromosomal de STAT1 pela análise de Seqüência Tag do enriquecimento de Genomic (ESTÁGIO). Genome Res. 17:910 - 916. (doi: 10.1101/gr.5574907)
-- Dennis, J.H. e outros. 2007. Métodos independentes e complementares para a análise estrutural em grande escala do chromatin mammalian. Genome Res. 17:928 - 939. (doi: 10.1101/gr.5636607)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. Deteção de motifs estruturais do DNA em elementos genomic funcionais. Genome Res. 17:940 - 946. (doi: 10.1101/gr.5602807)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. A construção do genome-escala o mapa estrutural na definição do único-nucleotide. Genome Res. 17:947 - 953. (doi: 10.1101/gr.6073107)
-- Elnitski, L.L. e outros. 2007. O portal de ENCODEdb: Acesso simplificado PARA CODIFICAR dados do Consortium. Genome Res. 17:954 - 959. (doi: 10.1101/gr.5582207)
-- Blankenberg, D. e outros. 2007. Uma estrutura para a análise collaboratoive de CODIFICA dados: Fazendo análises em grande escala biólogo-amigáveis. Genome Res. 17:960 - 964. (doi: 10.1101/gr.5578007)
Imprensa aproximadamente fria do laboratório do porto da mola
A imprensa fria do laboratório do porto da mola é um publisher internacional renowned dos livros, dos jornais, e dos meios eletrônicos situados no console longo, New York. É uma divisão do laboratório frio do porto da mola, de um innovator na pesquisa da ciência de vida e da instrução dos cientistas, dos estudantes, e do público. Para mais informação, visita http://www.cshlpress.com.
Desde a conclusão do projeto humano do Genome em 2003, os esforços da pesquisa foram visados que analisam as funções de várias seqüências no genome, usando estratégias experimentais e computacionais. A introdução de junho da pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é devotado ao projeto CODIFICAR (enciclopédia de elementos do DNA), cujo o objetivo é caracterizar todos os elementos funcionais no genome humano. A pesquisa do Genome CODIFICA a edição inclui 25 papéis de pesquisa, que relatam no validation dos resultados principais do projeto piloto e são essenciais a comunidade enquanto escalam até catalogar elementos funcionais no genome inteiro. Além, a edição contem também o commentary e os perspectives em como nossas vistas do genome mudaram em conseqüência das investigações CODIFICAR. Os findings principais medem as áreas de chromatin e replication, transcrição e regulamento do gene, e o confinamente evolucionário, algum de que é destacado abaixo. A edição inteira estará livremente disponível em linha junho em 14 para coordenar com a publicação do consortium CODIFICAR na natureza do jornal.
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Noções em desenvolvimento da função biológica
O Dr. Elliott Margulies e colegas arranjou em seqüência as regiões CODIFICAR em 23 espécies mammalian, alinhou as seqüências, e identificou regiões do confinamente evolucionário (ou seja as seqüências que mudaram pouco durante o tempo evolucionário). Usaram quatro métodos diferentes alinhar as seqüências, e três algoritmos diferentes para avaliar o confinamente. A comparação entre as aproximações diferentes, assim como os dados genomic recentemente gerados das 23 espécies mammalian, será recursos valiosos para a comunidade do genomics.
Determinaram também qual confinou evolutionarily as regiões sobrepostas com CODIFICA anotações experimentais. “A assinatura do conservation era a mais aparente em regiões do proteína-coding,” Margulies explicado. “Em outras regiões, a situação era mais complexa, com as anotações diferentes que mostram testes padrões diferentes do confinamente.”
“Nós fomos surpreendidos completamente pelo fato que muitas anotações experimentais não tiveram nenhuma evidência do confinamente mammalian da seqüência,” ele dissemos. Seu manuscrito descreve diversas possibilidades para esta correlação baixa, o mais intrigante de qual sugere que as parcelas menores de regiões anotadas do que esperadas estão confinadas evolutionarily.
Referência:
Margulies, E.H. e outros. 2007. Análises de alinhamentos da seqüência e de predições mammalian profundos do confinamente para 1% do genome humano. Genome Res. 17:760 - 774. (doi: 10.1101/gr.6034307)
Sobre a pesquisa do Genome
Pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é um jornal internacional, mensal, par-revisto publicado pela pressão fria do laboratório do porto da mola lançada em 1995, é um dos cinco jornais preliminares o mais altamente cited da pesquisa nos genetics e no genomics.
Os seguintes artigos publicam-se também nesta edição:
-- Weinstock, G.M. 2007. CODIFICAR: Empowerment mais genomic. Genome Res. 17:667 - 668. (doi: 10.1101/gr.6534207)
-- Gerstein, M. e outros. 2007. O que é um gene, borne-CODIFICAR: Uma história que culmina em uma definição updated. Genome Res. 17:669 - 681. (doi: 10.1101/gr.6339607)
-- Gingeras, T.R. 2007. Origem dos phenotypes: Genes e transcripts. Genome Res. 17:682 - 690. (doi: 10.1101/gr.6525007)
-- Koch, C.M. e outros. 2007. A paisagem de modificações do histone através de 1% do genome humano em cinco linhas humanas da pilha. Genome Res. 17:691 - 707. (doi: 10.1101/gr.5704207)
-- Rada-Iglesias, A. e outros. 2007. O Butyrate medía a diminuição do acetylation do histone centrada em locais do começo da transcrição e em para baixo-regulamento de genes associados. Genome Res. 17:708 - 719. (doi: 10.1101/gr.5540007)
-- Rei, C.C. e outros. 2007. Encontrando elementos cis-regulatory usando o genomics comparativo: Algumas lições de CODIFICAM dados. Genome Res. 17:775 - 786. (doi: 10.1101/gr.5592107)
-- Zhang, Z.D. e outros. 2007. Análise estatística da distribuição e da correlação genomic de elementos regulatory nas regiões CODIFICAR. Genome Res. 17:787 - 797. (doi: 10.1101/gr.5573107)
-- Xi, H. e outros. 2007. A análise de overrepresented motifs em promoters humanos do núcleo revela papéis regulatory duplos de YY1. Genome Res. 17:798 - 806. (doi: 10.1101/gr.5754707)
-- Jin, V.X. e outros. 2007. Identificação de um módulo regulatory de OCT4 e de SRY usando aproximações computacionais e experimentais integradas do genomics. Genome Res. 17:807 - 817. (doi: 10.1101/gr.6006107)
-- Lin, J.M. e outros. 2007. Emperramento do fator da transcrição e histones modificados em promoters bidirectional humanos. Genome Res. 17:818 - 827. (doi: 10.1101/gr.5623407)
-- Ruan, Y. e outros. 2007. Os transcripts da fusão e transcrito retrotransposed os loci descobertos com a análise detalhada do transcriptome usando diTags da Emparelh-Extremidade (animais de estimação). Genome Res. 17:828 - 838. (doi: 10.1101/gr.6018607)
-- Zheng, D. e outros. 2007. Pseudogenes nas regiões CODIFICAR: Anotação do consenso, análise da transcrição, e evolução. Genome Res. 17:839 - 851. (doi: 10.1101/gr.5586307)
-- Washietl, S. e outros. 2007. RNAs estruturado nas regiões selecionadas CODIFICAR do genome humano. Genome Res. 17:852 - 864. (doi: 10.1101/gr.5650707)
-- Karnani, N. e outros. 2007. Os testes padrões do replication das bandejas e os domínios chromosomal definidos por disposições da genome-telha de CODIFICAM áreas genomic. Genome Res. 17:865 - 876. (doi: 10.1101/gr.5427007)
-- Giresi, P.G. e outros. 2007. Elementos regulatory ativos dos isolates de FAIRE (isolação Formaldehyde-Ajudada de elementos Regulatory) do chromatin humano. Genome Res. 17:877 - 885. (doi: 10.1101/gr.5533507)
-- Emanuelsson, O. e outros. 2007. Avaliando o desempenho de estratégias microarray da telha high-density diferente para traçar regiões transcritas do genome humano. Genome Res. 17:886 - 897. (doi: 10.1101/gr.5014607)
-- Euskirchen, G.M. e outros. 2007. Traçar de regiões obrigatórias do fator da transcrição em pilhas mammalian por Microplaqueta: Comparação das tecnologias da disposição e arranj em seqüência-baseado. Genome Res. 17:898 - 909. (doi: 10.1101/gr.5583007)
-- Bhinge, A.A. e outros. 2007. Traçando os alvos chromosomal de STAT1 pela análise de Seqüência Tag do enriquecimento de Genomic (ESTÁGIO). Genome Res. 17:910 - 916. (doi: 10.1101/gr.5574907)
-- Dennis, J.H. e outros. 2007. Métodos independentes e complementares para a análise estrutural em grande escala do chromatin mammalian. Genome Res. 17:928 - 939. (doi: 10.1101/gr.5636607)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. Deteção de motifs estruturais do DNA em elementos genomic funcionais. Genome Res. 17:940 - 946. (doi: 10.1101/gr.5602807)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. A construção do genome-escala o mapa estrutural na definição do único-nucleotide. Genome Res. 17:947 - 953. (doi: 10.1101/gr.6073107)
-- Elnitski, L.L. e outros. 2007. O portal de ENCODEdb: Acesso simplificado PARA CODIFICAR dados do Consortium. Genome Res. 17:954 - 959. (doi: 10.1101/gr.5582207)
-- Blankenberg, D. e outros. 2007. Uma estrutura para a análise collaboratoive de CODIFICA dados: Fazendo análises em grande escala biólogo-amigáveis. Genome Res. 17:960 - 964. (doi: 10.1101/gr.5578007)
Imprensa aproximadamente fria do laboratório do porto da mola
A imprensa fria do laboratório do porto da mola é um publisher internacional renowned dos livros, dos jornais, e dos meios eletrônicos situados no console longo, New York. É uma divisão do laboratório frio do porto da mola, de um innovator na pesquisa da ciência de vida e da instrução dos cientistas, dos estudantes, e do público. Para mais informação, visita http://www.cshlpress.com.
Desde a conclusão do projeto humano do Genome em 2003, os esforços da pesquisa foram visados que analisam as funções de várias seqüências no genome, usando estratégias experimentais e computacionais. A introdução de junho da pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é devotado ao projeto CODIFICAR (enciclopédia de elementos do DNA), cujo o objetivo é caracterizar todos os elementos funcionais no genome humano. A pesquisa do Genome CODIFICA a edição inclui 25 papéis de pesquisa, que relatam no validation dos resultados principais do projeto piloto e são essenciais a comunidade enquanto escalam até catalogar elementos funcionais no genome inteiro. Além, a edição contem também o commentary e os perspectives em como nossas vistas do genome mudaram em conseqüência das investigações CODIFICAR. Os findings principais medem as áreas de chromatin e replication, transcrição e regulamento do gene, e o confinamente evolucionário, algum de que é destacado abaixo. A edição inteira estará livremente disponível em linha junho em 14 para coordenar com a publicação do consortium CODIFICAR na natureza do jornal.
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