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Atividade do Genome em preto e no branco
Integrando CODIFICAR dados experimentais, Dr. John Stamatoyannopoulos e seus colegas desenvolvidos e empregou uma aproximação computacional para classificar regiões genomic como “ativo” ou “repressed.” Notàvelmente, encontraram que o teste padrão de ativo contra domínios repressed estêve conservado impressionante entre tipos diferentes da pilha, e assim podem ser uma característica universal da arquitetura humana do genome.
“Por sobre quatro décadas, nós speculated que os chromosomes humanos estão divididos nos territórios funcionais discretos que facilitar ou inibir a atividade do gene,” explicam Stamatoyannopoulos. “Mas a primeira vez, a disponibilidade dos dados CODIFICAR permitiu que nós avalíem sistematicamente este conceito na resoluçã0 e produzam o primeiro “mapa humano do domínio. ” “
A metodologia desenvolvida neste estudo simplifica a interpretação de quantidades grandes de dados genomic e será empregada nas análises genome-largas futuras visadas compreendendo a organização funcional em grande escala de genomes complexos.
Referência:
Thurman, R.E. e outros. 2007. A identificação de domínios funcionais higher-order no ser humano CODIFICA regiões. Genome Res. 17:917 - 927. (doi: 10.1101/gr.6081407)
Sobre a pesquisa do Genome
Pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é um jornal internacional, mensal, par-revisto publicado pela pressão fria do laboratório do porto da mola lançada em 1995, é um dos cinco jornais preliminares o mais altamente cited da pesquisa nos genetics e no genomics.
Os seguintes artigos publicam-se também nesta edição:
-- Weinstock, G.M. 2007. CODIFICAR: Empowerment mais genomic. Genome Res. 17:667 - 668. (doi: 10.1101/gr.6534207)
-- Gerstein, M. e outros. 2007. O que é um gene, borne-CODIFICAR: Uma história que culmina em uma definição updated. Genome Res. 17:669 - 681. (doi: 10.1101/gr.6339607)
-- Gingeras, T.R. 2007. Origem dos phenotypes: Genes e transcripts. Genome Res. 17:682 - 690. (doi: 10.1101/gr.6525007)
-- Koch, C.M. e outros. 2007. A paisagem de modificações do histone através de 1% do genome humano em cinco linhas humanas da pilha. Genome Res. 17:691 - 707. (doi: 10.1101/gr.5704207)
-- Rada-Iglesias, A. e outros. 2007. O Butyrate medía a diminuição do acetylation do histone centrada em locais do começo da transcrição e em para baixo-regulamento de genes associados. Genome Res. 17:708 - 719. (doi: 10.1101/gr.5540007)
-- Rei, C.C. e outros. 2007. Encontrando elementos cis-regulatory usando o genomics comparativo: Algumas lições de CODIFICAM dados. Genome Res. 17:775 - 786. (doi: 10.1101/gr.5592107)
-- Zhang, Z.D. e outros. 2007. Análise estatística da distribuição e da correlação genomic de elementos regulatory nas regiões CODIFICAR. Genome Res. 17:787 - 797. (doi: 10.1101/gr.5573107)
-- Xi, H. e outros. 2007. A análise de overrepresented motifs em promoters humanos do núcleo revela papéis regulatory duplos de YY1. Genome Res. 17:798 - 806. (doi: 10.1101/gr.5754707)
-- Jin, V.X. e outros. 2007. Identificação de um módulo regulatory de OCT4 e de SRY usando aproximações computacionais e experimentais integradas do genomics. Genome Res. 17:807 - 817. (doi: 10.1101/gr.6006107)
-- Lin, J.M. e outros. 2007. Emperramento do fator da transcrição e histones modificados em promoters bidirectional humanos. Genome Res. 17:818 - 827. (doi: 10.1101/gr.5623407)
-- Ruan, Y. e outros. 2007. Os transcripts da fusão e transcrito retrotransposed os loci descobertos com a análise detalhada do transcriptome usando diTags da Emparelh-Extremidade (animais de estimação). Genome Res. 17:828 - 838. (doi: 10.1101/gr.6018607)
-- Zheng, D. e outros. 2007. Pseudogenes nas regiões CODIFICAR: Anotação do consenso, análise da transcrição, e evolução. Genome Res. 17:839 - 851. (doi: 10.1101/gr.5586307)
-- Washietl, S. e outros. 2007. RNAs estruturado nas regiões selecionadas CODIFICAR do genome humano. Genome Res. 17:852 - 864. (doi: 10.1101/gr.5650707)
-- Karnani, N. e outros. 2007. Os testes padrões do replication das bandejas e os domínios chromosomal definidos por disposições da genome-telha de CODIFICAM áreas genomic. Genome Res. 17:865 - 876. (doi: 10.1101/gr.5427007)
-- Giresi, P.G. e outros. 2007. Elementos regulatory ativos dos isolates de FAIRE (isolação Formaldehyde-Ajudada de elementos Regulatory) do chromatin humano. Genome Res. 17:877 - 885. (doi: 10.1101/gr.5533507)
-- Emanuelsson, O. e outros. 2007. Avaliando o desempenho de estratégias microarray da telha high-density diferente para traçar regiões transcritas do genome humano. Genome Res. 17:886 - 897. (doi: 10.1101/gr.5014607)
-- Euskirchen, G.M. e outros. 2007. Traçar de regiões obrigatórias do fator da transcrição em pilhas mammalian por Microplaqueta: Comparação das tecnologias da disposição e arranj em seqüência-baseado. Genome Res. 17:898 - 909. (doi: 10.1101/gr.5583007)
-- Bhinge, A.A. e outros. 2007. Traçando os alvos chromosomal de STAT1 pela análise de Seqüência Tag do enriquecimento de Genomic (ESTÁGIO). Genome Res. 17:910 - 916. (doi: 10.1101/gr.5574907)
-- Dennis, J.H. e outros. 2007. Métodos independentes e complementares para a análise estrutural em grande escala do chromatin mammalian. Genome Res. 17:928 - 939. (doi: 10.1101/gr.5636607)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. Deteção de motifs estruturais do DNA em elementos genomic funcionais. Genome Res. 17:940 - 946. (doi: 10.1101/gr.5602807)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. A construção do genome-escala o mapa estrutural na definição do único-nucleotide. Genome Res. 17:947 - 953. (doi: 10.1101/gr.6073107)
-- Elnitski, L.L. e outros. 2007. O portal de ENCODEdb: Acesso simplificado PARA CODIFICAR dados do Consortium. Genome Res. 17:954 - 959. (doi: 10.1101/gr.5582207)
-- Blankenberg, D. e outros. 2007. Uma estrutura para a análise collaboratoive de CODIFICA dados: Fazendo análises em grande escala biólogo-amigáveis. Genome Res. 17:960 - 964. (doi: 10.1101/gr.5578007)
Imprensa aproximadamente fria do laboratório do porto da mola
A imprensa fria do laboratório do porto da mola é um publisher internacional renowned dos livros, dos jornais, e dos meios eletrônicos situados no console longo, New York. É uma divisão do laboratório frio do porto da mola, de um innovator na pesquisa da ciência de vida e da instrução dos cientistas, dos estudantes, e do público. Para mais informação, visita http://www.cshlpress.com.
Desde a conclusão do projeto humano do Genome em 2003, os esforços da pesquisa foram visados que analisam as funções de várias seqüências no genome, usando estratégias experimentais e computacionais. A introdução de junho da pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é devotado ao projeto CODIFICAR (enciclopédia de elementos do DNA), cujo o objetivo é caracterizar todos os elementos funcionais no genome humano. A pesquisa do Genome CODIFICA a edição inclui 25 papéis de pesquisa, que relatam no validation dos resultados principais do projeto piloto e são essenciais a comunidade enquanto escalam até catalogar elementos funcionais no genome inteiro. Além, a edição contem também o commentary e os perspectives em como nossas vistas do genome mudaram em conseqüência das investigações CODIFICAR. Os findings principais medem as áreas de chromatin e replication, transcrição e regulamento do gene, e o confinamente evolucionário, algum de que é destacado abaixo. A edição inteira estará livremente disponível em linha junho em 14 para coordenar com a publicação do consortium CODIFICAR na natureza do jornal.
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Recurso da correia fotorreceptora para classificar, armazenar, manipular, e piches visualizando - Transcripts classificados
O projeto CODIFICAR produziu uma quantidade enorme de dados em regiões transcriptionally ativas (piches). Porque os piches são difíceis de wrangle com, o Dr. Marca Gerstein e colegas construiu a base de dados de regiões ativas e de ferramentas (DART; http://www.dart.gersteinlab.org), que é um recurso da correia fotorreceptora para classificar, armazenar, manipular, e piches visualizando.
Usando o sistema de classificação do DART, os cientistas categorizaram 6.988 unannotated os piches baseados em perfis da expressão, em composição da seqüência, em relatedness às seqüências similares de outros organismos, e na posição genomic. Dos piches novos identificados, aproximadamente 20% foram produzidos dos genes potenciais previamente não identificados. Além, muitos dos piches associaram com os genes sabidos foram encontrados para ter o potencial dar forma a estruturas secundárias funcionais.
Referência:
Rozowsky, J. e outros. 2007. A classificação do DART de unannotated a transcrição dentro das regiões CODIFICAR: associando a transcrição com os loci conhecido e da novela. Genome Res. 17:732 - 745. (doi: 10.1101/gr.5696007)
Sobre a pesquisa do Genome
Pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é um jornal internacional, mensal, par-revisto publicado pela pressão fria do laboratório do porto da mola lançada em 1995, é um dos cinco jornais preliminares o mais altamente cited da pesquisa nos genetics e no genomics.
Os seguintes artigos publicam-se também nesta edição:
-- Weinstock, G.M. 2007. CODIFICAR: Empowerment mais genomic. Genome Res. 17:667 - 668. (doi: 10.1101/gr.6534207)
-- Gerstein, M. e outros. 2007. O que é um gene, borne-CODIFICAR: Uma história que culmina em uma definição updated. Genome Res. 17:669 - 681. (doi: 10.1101/gr.6339607)
-- Gingeras, T.R. 2007. Origem dos phenotypes: Genes e transcripts. Genome Res. 17:682 - 690. (doi: 10.1101/gr.6525007)
-- Koch, C.M. e outros. 2007. A paisagem de modificações do histone através de 1% do genome humano em cinco linhas humanas da pilha. Genome Res. 17:691 - 707. (doi: 10.1101/gr.5704207)
-- Rada-Iglesias, A. e outros. 2007. O Butyrate medía a diminuição do acetylation do histone centrada em locais do começo da transcrição e em para baixo-regulamento de genes associados. Genome Res. 17:708 - 719. (doi: 10.1101/gr.5540007)
-- Rei, C.C. e outros. 2007. Encontrando elementos cis-regulatory usando o genomics comparativo: Algumas lições de CODIFICAM dados. Genome Res. 17:775 - 786. (doi: 10.1101/gr.5592107)
-- Zhang, Z.D. e outros. 2007. Análise estatística da distribuição e da correlação genomic de elementos regulatory nas regiões CODIFICAR. Genome Res. 17:787 - 797. (doi: 10.1101/gr.5573107)
-- Xi, H. e outros. 2007. A análise de overrepresented motifs em promoters humanos do núcleo revela papéis regulatory duplos de YY1. Genome Res. 17:798 - 806. (doi: 10.1101/gr.5754707)
-- Jin, V.X. e outros. 2007. Identificação de um módulo regulatory de OCT4 e de SRY usando aproximações computacionais e experimentais integradas do genomics. Genome Res. 17:807 - 817. (doi: 10.1101/gr.6006107)
-- Lin, J.M. e outros. 2007. Emperramento do fator da transcrição e histones modificados em promoters bidirectional humanos. Genome Res. 17:818 - 827. (doi: 10.1101/gr.5623407)
-- Ruan, Y. e outros. 2007. Os transcripts da fusão e transcrito retrotransposed os loci descobertos com a análise detalhada do transcriptome usando diTags da Emparelh-Extremidade (animais de estimação). Genome Res. 17:828 - 838. (doi: 10.1101/gr.6018607)
-- Zheng, D. e outros. 2007. Pseudogenes nas regiões CODIFICAR: Anotação do consenso, análise da transcrição, e evolução. Genome Res. 17:839 - 851. (doi: 10.1101/gr.5586307)
-- Washietl, S. e outros. 2007. RNAs estruturado nas regiões selecionadas CODIFICAR do genome humano. Genome Res. 17:852 - 864. (doi: 10.1101/gr.5650707)
-- Karnani, N. e outros. 2007. Os testes padrões do replication das bandejas e os domínios chromosomal definidos por disposições da genome-telha de CODIFICAM áreas genomic. Genome Res. 17:865 - 876. (doi: 10.1101/gr.5427007)
-- Giresi, P.G. e outros. 2007. Elementos regulatory ativos dos isolates de FAIRE (isolação Formaldehyde-Ajudada de elementos Regulatory) do chromatin humano. Genome Res. 17:877 - 885. (doi: 10.1101/gr.5533507)
-- Emanuelsson, O. e outros. 2007. Avaliando o desempenho de estratégias microarray da telha high-density diferente para traçar regiões transcritas do genome humano. Genome Res. 17:886 - 897. (doi: 10.1101/gr.5014607)
-- Euskirchen, G.M. e outros. 2007. Traçar de regiões obrigatórias do fator da transcrição em pilhas mammalian por Microplaqueta: Comparação das tecnologias da disposição e arranj em seqüência-baseado. Genome Res. 17:898 - 909. (doi: 10.1101/gr.5583007)
-- Bhinge, A.A. e outros. 2007. Traçando os alvos chromosomal de STAT1 pela análise de Seqüência Tag do enriquecimento de Genomic (ESTÁGIO). Genome Res. 17:910 - 916. (doi: 10.1101/gr.5574907)
-- Dennis, J.H. e outros. 2007. Métodos independentes e complementares para a análise estrutural em grande escala do chromatin mammalian. Genome Res. 17:928 - 939. (doi: 10.1101/gr.5636607)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. Deteção de motifs estruturais do DNA em elementos genomic funcionais. Genome Res. 17:940 - 946. (doi: 10.1101/gr.5602807)
-- Greenbaum, J.A. e outros. 2007. A construção do genome-escala o mapa estrutural na definição do único-nucleotide. Genome Res. 17:947 - 953. (doi: 10.1101/gr.6073107)
-- Elnitski, L.L. e outros. 2007. O portal de ENCODEdb: Acesso simplificado PARA CODIFICAR dados do Consortium. Genome Res. 17:954 - 959. (doi: 10.1101/gr.5582207)
-- Blankenberg, D. e outros. 2007. Uma estrutura para a análise collaboratoive de CODIFICA dados: Fazendo análises em grande escala biólogo-amigáveis. Genome Res. 17:960 - 964. (doi: 10.1101/gr.5578007)
Imprensa aproximadamente fria do laboratório do porto da mola
A imprensa fria do laboratório do porto da mola é um publisher internacional renowned dos livros, dos jornais, e dos meios eletrônicos situados no console longo, New York. É uma divisão do laboratório frio do porto da mola, de um innovator na pesquisa da ciência de vida e da instrução dos cientistas, dos estudantes, e do público. Para mais informação, visita http://www.cshlpress.com.
Desde a conclusão do projeto humano do Genome em 2003, os esforços da pesquisa foram visados que analisam as funções de várias seqüências no genome, usando estratégias experimentais e computacionais. A introdução de junho da pesquisa do Genome (http://www.genome.org) é devotado ao projeto CODIFICAR (enciclopédia de elementos do DNA), cujo o objetivo é caracterizar todos os elementos funcionais no genome humano. A pesquisa do Genome CODIFICA a edição inclui 25 papéis de pesquisa, que relatam no validation dos resultados principais do projeto piloto e são essenciais a comunidade enquanto escalam até catalogar elementos funcionais no genome inteiro. Além, a edição contem também o commentary e os perspectives em como nossas vistas do genome mudaram em conseqüência das investigações CODIFICAR. Os findings principais medem as áreas de chromatin e replication, transcrição e regulamento do gene, e o confinamente evolucionário, algum de que é destacado abaixo. A edição inteira estará livremente disponível em linha junho em 14 para coordenar com a publicação do consortium CODIFICAR na natureza do jornal.
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